由于本病有一定自限性，同时有治疗后易于复发，而且目前尚无根除HPV的方法，因此，尽管治疗方法较多，但是以去处局部增生性疣为主，在选择时仍以有效、简便、安全、不引起疤痕为基本原则。对于亚临床感染区，可在醋酸白试验的指示下，可同时按治疗临床感染的方法治疗；对于潜伏感染，是否治疗或如何治疗？还没有统一的观点。另外，对性伴及可能伴发的其他性病，也要及时有效地诊治，有人观察到合并其他性病的尖锐湿疣患者，复发率较高，另外采取防护措施以免传给他人。
   （一） 局部治疗
为目前最常采用的方法，疗效较肯定，若恰当地采用联合疗法，可取得更满意的疗效。
      1、0. 5%鬼臼毒素酊（商品名：尤脱欣、疣敌）可抑制表皮细胞有丝分裂，并引起组织坏死，且副作用小。用药前清洗患部，擦干，每日涂药2次，3天为一疗程，重复用药需间隔4天或4天以上。国内报道第一疗程治愈率为54.8%，第二疗程治愈率为32.1%，第三疗程治愈率为13.1%，主要副作用为局部轻度红斑、水肿、糜烂、和疼痛。
      2、10%～25%足叶草脂安息香酊（或乙醇液）作用机理同鬼臼毒素，但刺激性大，可致全身吸收毒性反应。涂药前需用凡士林防护正常皮肤粘膜，涂药后2小时用肥皂水清洗患部，每周1次，每次用量应限于0.5ml以下，用药面积小于10cm平方。孕妇及小儿禁用。
      3、5% 5一氟尿嘧啶（5-FU） 通过阻断脱氧尿甙酸合成胸腺嘧啶甙酸的甲基化而阻断DNA合成，抑制病毒的复制。局部涂擦软膏、乳膏或用不透水胶布封贴，24小时换用一次，连用4周，同时注意保护正常皮肤。用于治疗男性尿道内疣时待膀胱排空后用喷管注入霜剂12ml或用棉棍涂布，每日4次，治疗后扩张尿道以免粘连。用于阴道湿疣时将5%药液浸湿纱布，塞入阴道，2小时取出。
     4、 25%～50%三氯醋酸溶液 有化学性剥脱、止血和收剑作用。每日1次，连用4～6天，间隔1周可再用。药液只能涂于疣体，并用滑石粉或碳酸氢钠粉去除未发生反应的酸液。
      5、 3%酞丁胺软膏 系一种a一醛酮缩硫脲衍生物，对病毒性皮肤病有满意疗效。每天外用2～3次，4周一疗程。
      6、 5%无环鸟苷软膏 抑制病毒DNA的复制。每天3次。
      7、 素高治肤（solcnderm） 系一含硝酸、醋酸、乳酸、草酸等多种酸的复合外用制剂。用涂棒点于整个疣体1-3次，至变成灰白色或微黄色，3-5天复查，可重复1次。
     8、 复方香叶天竺葵油 系一含香叶天竺葵和鸦胆子等多种中药挥发油和提取物，具有对疣组织的剥脱和刺激作用。每日涂药3次，注意保护周围正常皮肤粘膜，2周为一疗程，隔1周可再用1疗程。
      9、 二硝基氯苯（DNCB） 通过致敏激发局部的迟发型超敏反应。用后局部烧灼感和湿疹样反应较重，且可能有潜在的致癌性，故要慎用。有作者推荐与激光等联合使用，获较满意效果。
（二） 物理疗法
    1、 激光 利用其热效应，使病变组织因高温而气化。注意不要过度治疗，否则易致疤痕形成。CO2激光可用于治疗任何部位的疣。Rb-YAG激光对尿道近端2／3部的疣及一些粘膜部损害尤为适用。有人在用CO2激光治疗尖锐湿疣的同时，采用CO2激光浅表凝固法处理亚临床感染病灶以及疣体周围2cm的范围，可减少尖锐湿疣复发。
     2、 电烧灼或电干燥 使细胞变性、坏死，以清除疣体，带有心脏起搏器的病人或接近肛门边缘的疣，禁用电干燥法。
     3、 冷冻 一般采用液氮，亦可用CO2干冰，使疣组织坏死要持续到全部皮损冻结冰球，基底部见到一受冻皮肤晕为止。冷冻范围扩展至疣体周围1－2cm的正常皮肤则效果更佳。粘膜部冷冻要特别慎重，以防溃疡等严重并发症。
    4、 同位素:90Sr每次5Gy，共用5次，以后每次10Gy，至55Gy为一疗程。
    5、 微波 局麻，用治疗仪之针状辐射器刺入疣基底部。微波输出功率40－50W，每点持续2秒，见组织凝固发白，赘生物去除。
（三） 外科治疗
     1、 手术切除 应用于较大的损害，但易复发。并要注意减少形成疤痕。有人认为对包皮过长的患者进行包皮环切术，有助于防止或减少尖锐湿疣复发。
     2、 刮除 常规消毒，以2％普鲁卡因行基底麻醉，然后用外科刮匙快速刮除疣体，压迫止血并立即涂擦40％三氯醋酸。
     3、 剪除法 用于治疗数目少于4个，病损直径小于10mm的疣。以肛门周围或肛管内疣效果较好。在局麻下进行，沿疣的基底部剪除疣体，从后向前剪，以避免渗出物和血液影响手术进程。
（四） 局部注射
     1、 干扰素 具抗病毒、抗增殖及免疫调节作用。推荐用а-2a基因工程干扰素治疗，以100万U用注射用水或生理盐水0.5～1ml稀释，均匀注射于各病损基底部，隔日注射，每周3次，共注9次。
    2、 争光霉素 抑制DNA合成及部分抑制RNA合成。以0.1%溶液注入疣体基底部，每次总量限在1ml。
    3、 5一氟尿嘧啶 常规消毒，将药液125mg注入基底部，再用软膏外敷于疣体。
（五） 全身治疗 目前多与局部治疗联合使用，可起辅助治疗作用。可酌情选用聚肌胞、干扰素、胸腺肽（素）、病毒唑，每日或隔日肌肉注射，或者局部损害部位作皮下注射。也可采用香茹多糖等口服。左旋咪唑的疗效尚有争论。
（六）孕妇尖锐湿疣 据调查孕妇的患病率为1.5%～2.5%，另有人报道，孕妇尖锐湿疣占女性患者的11.33%。妊娠时尖锐湿疣增殖较快，疣组织较大、较脆，有人认为与妊娠时孕妇血中雌激素、孕激素升高有关。较大的疣体可妨碍分娩，分娩时疣体外伤可引起大出血和感染。治疗上以冷冻、激光、微波、手术、外用三氯醋酸为主，忌用足叶草脂、5一氟尿嘧啶、干扰素等药物。如果疣体巨大阻塞产道或有引起大出血的可能时，则以剖腹产为宜；不推荐为了预防新生儿感染HPV而行剖腹产。   注意新生儿经产道可以感染病毒，有引起新生儿喉部乳头瘤病的可能，国内有因此发生喉部堵塞窒息死亡的报道。
（七） 中医药治疗 ：克疣组合疗法